महापरिषद सस्थान का शीर्ष निकाय है जोकि इसके समस्त क्रिया कलापों के लिए विस्तृत नीति निर्धारक क कार्य करता है। सचिव, सामाजिक न्याय एवं अधिकरिता मंत्रालय, भारत सरकार इसके अध्यक्ष होते है। महापरिषद में २० सदस्य होते है जिसमे भारत सर्कार के विभिन्न मंत्रालयों / विभागों के वरिष्ठ अधिकारि तथा समाज रक्षा के क्षेत्र में कार्यरत विशेषज्ञ शामिल है।

कार्यकरी परिषद संस्थान की गतिविधियाँ और मार्गदर्शन करती है संयुक्त सचिव सामजिक न्याय एंव अधिकरिता मंत्रालय इसके अध्यक्ष होती है इसमें पाँच सदस्य के दो विशेषज्ञ सम्मिलित हैं। निदेशक, राष्ट्रीय समाज रक्षा संस्थान के मुख्य कार्यकारी हैं और उत्तरदायी हैं। निदेशक, महापरिषद के साथ-साथ कार्यकरी परिषद के सदस्य सचिव भी हैं इसलिए संस्थान के दोनों शीर्ष निकयों के बीच संयोजन कार्य करते हैं।